Finančná kontrola plnenia podmienok pri poskytovaní zdrojov z eurofondov sa vykonáva ešte predtým, ako nastane prijatie rozhodnutí o čerpaní zdrojov na realizáciu projektov. Kontrole podlieha stanovenie účelu použitia pridelených zdrojov v oblasti záväzkov, uzatváranie zmlúv a samotná platba. Kontrolu fyzickej realizácie projektu uskutočňuje konečný prijímateľ pomoci a riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán. Ak sa na realizácii projektu nepodieľajú, musí sa riadiaci orgán presvedčiť o vykonanej kontrole sám a vydať o tom osvedčenie o uskutočnenej službe. Okrem zabezpečenia fyzickej realizácie projektu to znamená aj overovanie skutočných výdavkov a ich oprávnenosti preskúmaním vyplatených faktúr. Všetky postupy pre finančnú kontrolu vychádzajú z platnej legislatívy SR a sú zhodné s normami EÚ.