V prípade, že by chcela takáto obec opraviť napríklad miestnu školu pomocou fondov EÚ v celkovej sume milión eur, musela by tak zaplatiť na daniach takmer dvestotisíc eur, čo pre väčšinu malých obcí predstavuje podstatnú časť ich ročného rozpočtu. Obce sú tak nútené si zobrať úver či „tieto prostriedky rezervovať na svojich účtoch, čo im znemožňuje realizovať iné projekty alebo vlastné investície,“ uvádza pre EurActiv tajomník Združenia miest a obcí Liptova Miroslav Babka.

Naproti tomu obce v takzvaných póloch rastu, kde sa nachádzajú predovšetkým mestá a väčšie obce, čerpajú prostriedky z Regionálneho operačného programu a jeho opatrení, kde je DPH oprávneným výdajom. To znamená, že platia iba päť percent.

Mnohé z malých obcí pritom tieto náklady odradia. „Starostovia menších obcí nás na posledných našich rokovaniach (na začiatku februára) upozornili, že napriek tomu, že už majú vypracované projekty, zvažujú ich podanie,“ dodáva hovorkyňa Združenia miest a obcí Slovenska Helena Poláková a dodala: „V tomto roku je dopad finančnej a hospodárskej krízy na rozpočty oveľa vyšší ako sa očakávalo.“ 

Združenie miest a obcí Slovenska (ZMOS) na problém upozornilo už v roku 2007 a navrhlo riešenie, podľa ktorého „by mal štát cestou ministerstva refundovať obciam, ktoré realizujú projekty, 14 percent odvedenej DPH, aby sa vyrovnala výška spolufinancovania s obcami v póloch rastu,“ povedal Babka.  

Napriek tomu však Ministerstvo poľnohospodárstva, ktoré má operačný program na starosti, doposiaľ tento problém nevyriešilo. Hovorkyňa ministerstva Kristína Bodnárová  píše: „Ministerstvo pôdohospodárstva zatiaľ nevie potvrdiť, kedy by sa zmeny v spomínanej problematike mohli uskutočniť.“

Už v septembri 2008 pritom hovorca ministerstva financií Miroslav Šmál pre agentúru ČTK povedal, že „preplácanie DPH pre príjemcov verejnej správy v rámci Programu rozvoja vidieka predstavuje otvorenú otázku pri zostavovaní rozpočtu na roky 2009 až 2011.

Napriek prísľubom vlády, že časť DPH  bude obciam refundovaná zo zdrojov štátneho rozpočtu, je naďalej táto otázka v tomto roku  nedoriešená.

ZMOS vláde predložilo svoje návrhy a niektoré z nich sa už podarilo prijať. Navrhli okrem iného formy zjednodušenia administrácie žiadostí o nenávratné finančné príspevky z fondov EÚ či predfinancovanie projektov miest a obcí.

Práve byrokracia podľa niektorých odborníkov ohrozuje čerpanie eurofondov na Slovensku. Väčšina má pritom lokálny pôvod.